「目標CPAを抑制するとクリック単価が上昇することがあるのはなぜですか？

より安いCPAでコンバージョンを獲得しようと機械学習が働くことが一因です。

目標CPAを抑制すると、CPAを下げるために「コンバージョンに至る可能性が高いと判断できるユーザー」に配信を集中させます。そのようなユーザーに対し検索結果やサイトの上位などより目立つ広告枠に表示できるよう、オークション時に入札単価が引き上がります。そのため、コンバージョンが獲得しやすくなるかわりにクリック単価が上昇してしまいます。